福建医科大学附属第二医院东海院区胃肠外科，是一个集临床、科研、教学于一体的胃肠道专科。科室以微创为理念，以规范化治疗为基础，拥有雄厚的技术力量和充满朝气的队伍，在国内有较大影响。目前科室设有1个病区，共45张床位，实收住院病人70人以上。拥有高级职称者5名，其中教授3名、博士生导师2名、硕士研究生导师3名；中级职称者3名，博士、硕士学位者占医师总数的95%以上。
福建医科大学附属第二医院胃肠食管外科主要致力于胃肠道肿瘤的外科诊治及基础临床研究，每年完成600余台胃肠道肿瘤规范化手术，其中完全腹腔镜下胃癌根治术+脾门淋巴结清扫、保留盆腔植物神经的全直肠系膜切除、直肠癌超低位切除吻合术、直肠癌侧方淋巴结清扫等术式处于国内领先水平。特别是针对低位直肠癌开展的三保留直肠癌根治术（保留排便功能、排尿功能及性功能），极大地提高了患者的生活质量。
现任福建医科大学附属第二医院院长许建华教授，作为学科带头人，具有三十余年胃肠道恶性肿瘤临床工作经验，主要的研究方向为胃肠道恶性肿瘤的临床早期诊断、治疗及其病因学的分子生物学基础研究，在熟练传统开腹手术的基础上，娴熟地掌握了腹腔镜胃肠微创手术这一新技术，并将之发展为胃肠外科的特色诊疗项目，为广大患者提供微创治疗的平台，大大减轻了患者的痛苦。
福建医科大学附属第二医院胃肠食管外科科主任叶凯教授现任福建省外科学胃肠外科学组副组长、福建省预防医学会肛肠专委会副主任委员、中华直肠癌MDT联盟福建省副主委、中国抗癌协会大肠专业腹腔镜学组委员、中国抗癌协会胃癌专委会腹腔镜学组委员等职务，曾获得胃肠手术视频比赛全国总冠军，至今已成熟开展4000余例的腹腔镜胃肠肿瘤微创手术，积极为推广消化道肿瘤的规范化治疗作贡献。
福建医科大学附属第二医院胃肠食管外科已在国内外医学期刊中公开发表论文50多篇，其中SCI论文20余篇；并于2013至今连续主办了8届国家级学习班—“海峡西岸胃肠肿瘤微创外科论坛”，多次受邀在全国性会议上现场行“腹腔镜下胃肠肿瘤微创手术”演示及专题报告，受到国内外同行广泛赞誉。科室获得省“五一先锋号”称号、医院“十佳医疗团队”，是中华结直肠MDT联盟成员单位、福建省ERAS外科示范病房，泉州市医学会加速康复学会、泉州市抗癌协会、泉州市腔镜质控中心挂靠单位。
胃肠外科食管组自肿瘤外科分科并入胃肠外科后，在专业组组长黄志军主任带领下，以临床诊疗为基础，提倡多学科综合治疗理念，基础科研为辅，开展食管癌等消化道肿瘤早诊早治、综合治疗等相关研究。
作为科室副主任及专业组组长，黄志军主任目前兼任中国老年学和老年医学会肿瘤康复分会食管癌专委会委员，福建省海峡医药卫生交流协会胸部肿瘤分会理事，福建省抗癌协会食管癌专委会委员，福建省抗癌协会大肠癌专委会委员，福建省抗癌协会肿瘤康复委员会常务委员等，具有二十余年消化道恶性肿瘤临床工作经验，擅长消化道肿瘤的诊断治疗及分子生物学基础研究，娴熟掌握胸腹腔镜微创操作技术及消化道肿瘤的综合诊疗。
临床方面，年收治食管癌病人几百余例，年食管癌手术量百余例，手术方面开展全胸腹腔镜食管癌三野清扫根治术，结肠代食管手术，腹腔镜结直肠癌、胃癌手术，基于膜解剖的食管癌功能性淋巴结清扫及神经保护术式，并多次在全国手术视频大赛上获奖，已达国内领先水平，综合诊疗方面开展新辅助放化疗，免疫+化疗，免疫+放化疗等治疗，加强同相关科室的协同合作，极大提高患者生存率及生活质量。每年定期举办食管癌综合诊疗学习班，定期到基层医院进行手术演示及会议宣讲，扩大专业影响力。目前专业组在闽南地区已具有一定影响力。
科研方面，目前专业组硕士生导师2名，培养研究生4名，立项多个食管癌省市课题，累计课题经费几十万元，同国内外各大高校建立长期合作关系，累计已发表SCI及CSCD源杂志数十篇，课题立项十项，相关课题涉及消化道肿瘤的分子机制通路，代谢组学分析，人工智能应用，大数据及预后模型预测等，在食管癌早诊及治疗方面有独创性发现，研究紧跟国内外热点。
